Rozlohou nejmenší je horní patro a nejrozsáhlejší je střední patro. Spodní, nezpřístupněné patro leží v hloubce asi 70 m pod povrchem a má charakter chodbovitého systému. Bylo vytvořeno dešťovou vodou, která do něj proniká komíny a puklinami a postupně rozpouští vápencovou horninu, čímž dává vzniku krasu a krasových jevů. Zvláštností jsou zde tzv. Koněpruské růžice, které obsahují opál.
V systému Koněpruských jeskyní bylo nalezeno velké množství zvířecích kostí z doby před 600 000 – 13 000 lety a také lidské kosti patřící druhu Homo sapiens sapiens staré asi 13 000 let. Někdy v letech 1469 – 1472 byla v horním patře v činnosti penězokazecká dílna, ve které se vyráběly falešné mince.
Koněpruské jeskyně mají mimořádný význam pro poznání geologického vývoje středních Čech v období čtvrtohor.